Hạm đội Ki-tô giáo tổ chức thành 4 cánh quân dọc theo trục Bắc-Nam. Ở phía nam, gần với bờ biển là cánh Trái, với 53 chiến thuyền galley, chủ yếu là thuyền của Venezia, được chỉ huy bởi Agostino Barbarigo, được Marco Querini và Antonio da Canale hỗ trợ. Cánh quân Trung tâm gồm 62 galley do đích thân Don Juan nước Áo chỉ huy, trên chiến hạm Real, cùng với Sebastiano Venier, sau này trở thành Doge (tức Thống đốc, hay Công tước) của Venezia, và Marcantonio Colonna. Cánh Phải ở phía nam gồm 53 galley do Giovanni Andrea Doria người xứ Genova, cháu họ đô đốc nổi tiếng Andrea Doria. Hai galleass, với đại bác bố trí dọc sườn, được đặt ở hàng đầu mỗi đoàn thuyền, theo Miguel de Cervantes (lúc đó phục vụ trên galleass Marquesa trong trận chiến), là để ngăn chặn các thuyền nhỏ của Thổ đánh lén, phá hủy hay tràn lên mạn tàu của người Ki-tô giáo. Một đội thuyền Dự bị được đặt ở phía sau (tức là phía tây) của hạm đội chính, sẵn sàng ứng cứu bất kỳ nơi nào khi cần thiết. Đội thuyền này gồm 38 galley - 30 thuyền chiến phía sau cánh quân Trung tâm, chỉ huy bởi Álvaro de Bazán, hầu tước xứ Santa Cruz, và 4 thuyền chiến galley khác đặt sau mỗi cánh Phải và Trái. Một đội thuyền trinh sát được thiết lập, từ hai galley ở cánh Phải và 6 galley ở Trung tâm. Khi hạm đội Ki-tô giáo từ từ đi vòng quanh Mũi Scropha, cánh Phải của Doria, ở phía xa bờ biển nhất, nên bị chậm khi trận chiến bắt đầu, và các galleass của cánh Phải không dàn trận tại vị trí đã định trước được.

Hạm đội Thổ Nhĩ Kỳ bao gồm 54 galley và 2 galliot ở cánh Phải dưới quyền Chulouk Bey, 61 galley và 32 galliot ở Trung tâm, dưới quyền Ali Pasha trên tàu Sultana, chừng 63 galley và 30 galliot ở phía nam, dưới quyền Uluj Ali. Một đội thuyền dự bị nhỏ, gồm 8 galley, 22 galliot và 64 thuyền fusta (một loại galliot), bố trí đằng sau đội thuyền Trung tâm. Ali Pasha được cho là đã tuyên bố với những nô lệ chèo thuyền Ki-tô giáo của mình: "Nếu ta giành được chiến thắng trong trận này, ta hứa sẽ ban cho các ngươi tự do. Nếu phe của các ngươi thắng lợi ngày hôm nay, thì tự do của các ngươi là do Thiên Chúa ban cho đó."